Naruto se retrouve dans une Académie d'apprentis Ninja. Il va devoir faire équipe avec celui qui deviendra son plus grand rival Uchiha Sasuke, descendant du fameux clan Uchiha, et avec Haruno Sakura, une des plus brilliante élèves de la classe. Tous les trois vont devoir suivre l'entrainement de Hatake Kakashi, le professeur célèbre pour le nombre impressionant de techniques qu'il connait, mais aussi le plus sévère des professeurs.